奥密克戎XBB.1.5在美国高达40.5％，迅速取代BQ.1.1; BQ.1.1和XBB.1在我国占比仍然较少
2022-12-30 MedSci原创 MedSci原创 发表于上海
美国CDC每周根据基因测序的结果，公布全美不同新冠病毒亚变体的分布状况。
美国CDC每周根据基因测序的结果，公布全美不同新冠病毒亚变体的分布状况。
大家知道，目前全球新冠病毒亚变体主要分为两个谱系（都是从BA.2进化而来），一个由BA.5.2进化而来的BQ.1和BQ.1.1为主导的，此前在欧美和日本广泛流行; 另一个由BA.2.75进化，进一步与BJ.1重组而来的XBB，XBB.1.5（名称为鲲，Kraken）为主导的，此前主要在印度，新加坡等东南亚国家流行的为主。而且XBB.1.5其传播速度还超过了此前在东南亚进化出CH.1.1和CH.1.1.1这一亚变体
然而，随着两个分支进化，在免疫逃逸与传播力两个维度不断展开竞争，从目前来看，XBB.1.5目前占住绝对的领先。从本周的数据来看，XBB.1.5已占美国的新感染人数的40.5％，处于绝对领先的位置，预计还会进一步快速上升。本周CDC也修正了一些数据，并将XBB与XBB.1.5区分开来。可以看出XBB实际占比很少，仅3.6％（XBB在美国也流行了较长时间），但是XBB.1.5则是刚刚出现不久，现就占比高达40.5％，是极为惊人的。与williamhill asia 上个月预测XBB.1.5有机会脱颖而出，十分吻合，见：奥密克戎成为百变灵猫，科学认知应该与时俱进、奥密克戎BQ.1.*已占美国总感染人数69%，XBB上升较快，已占7.2%
与此前占住主要位置的BQ.1.1相比，XBB.1.5的相对增长速度要快将近100％。而且，因为是两个不同的分支，二者之间的免疫逃逸是很强的。即此前感染过BQ.1.1也未必对XBB.1.5具有免疫力，意味着，即使刚刚感染BQ.1.1不久，也可能会二次感染XBB.1.5！
因此，从美国的数据监测来看，本轮感染，住院人数较前次微有上升，并不意味着XBB.1.5的毒性强于BQ.1.1，而是即使感染BQ.1.1对XBB.1.5的保护作用也是相对缺乏的。而从新加坡等地来看，XBB.1和XBB.1.5整个毒性是比较弱的。
有关哪些亚变体可能胜出，主要看其免疫逃逸能力和传播能力二个角度，从GISAID的数据追踪来看，能够看出不同的亚变体的传播能力高低。上周williamhill asia 分析了不同亚变体，发现XBB.1.5超越了所有的亚变体，其次是XAY.2，BN.1，CH.1.1.1。见：奥密克戎BQ.1在美国达峰值，XBB上升迅猛达18.3％，国内可能呈现双峰感染状况。据估计XBB.1.5在没有免疫基础的情况下，其R0可能高达25－30，是人类发现传播最快的病毒了。
从这张图可以看出，在右上角的主要是XBB.1.5，与BQ.1.1相比，其免疫逃逸和ACE2结合力都有所上升，因此，其传播力得到放大几乎是必然的。
如果按GISAID上传的基因测序的序列来看，最新的结果如下：
从上图来看，XBB.1.5也不是不可以被挑战的。有一些潜在的新的亚变体，也令人关注，例如刚刚监测到的BQ.1.1衍生出来的DP.1 (BQ.1.1.8.1)，DK.1 (BQ.1.1.7.1)，BQ.1.1.2 (BE.1.1.1.1.1.2)，BQ.1.1.20，都极具有传播力。另外，从CH.1.1 (BM.4.1.1.1.1)衍生出来的CH.1.1.2，CH.1.1.1，也有极强的传播能力，很可能取代刚刚流行的CH.1.1。
而且从ACE2的结合能力，以及免疫逃逸能力而来，均有不少亚变体在单项上超越XBB.1.5，意味着未来是有可能进化出，两个指标都是超强的新型亚变体。
当然，从全球来看，虽然奥密克戎进化十分复杂，但是只要体内建立了对最新亚变体的免疫作用，接下来的危害就会小很多。主要原因是两代亚变体亲缘比较近，一旦感染一种，会对下一代亚变体有较好的地保护作用，即使再感染，也绝大多数是无症状感染，即使有症状，也是十分轻微的。
我国主要流行是什么亚变体？
从官方报道来看，北方流行以BF.7为主，南方以BA.5.2为主，夹杂有XBB.1.5和BQ.1.1。最新GISAID上刚刚上传了100多个基因测序的结果，发现目前确实以BF.7，BA.5.2为主，也有少量的BQ.1.1和XBB.1，结论是相符的。
确实北方以BF.7为主，南方以BA.5.2为主，而上海则同时有BF.7，BA.5.2，XBB，BQ.1.1等多种流行株。但是，进一步发现BF.7与以前的BF.7并不相同，而是包括了ORF7a:H47Y 和 S:C1243F突变，这两个突变的存在，增强了免疫逃逸的特性，这两个突变也存在于日本流行的BF.5上。
下图为国内几个亚变体的分布趋势：
如果进一步按不同省份区分，则如下：
不过，可惜的是，国内上传到GISAID基因组序列非常少，因此，很难得到精确信息，也很难找出不同亚变体的规律。
如果XBB.1.5一旦被监测出来，可能会迅速超越其它流行株，成为最主要流行株，这样可能很多人避免在短期内出现二次感染。如果XBB.1没有广泛流行，而是BA.5.2和BA.2.75两个亚分支混合流行的话，意味着XBB.1.5广泛流行时，此前感染BA.5.2系列（包括BQ.1.1），仍然还会面临相对较重的症状。但是，BA.2.75分支感染症状相对会更轻一些（它们离XBB.1.5更近，应该有一定的交叉保护作用）。
因此，从这里应该可以得出这样的结论，本轮感染不管是BF.7，还是BA.5.2或BN.1.3，这轮感染结束以后，大概率应该是XBB.1.5流行为主导，同时，也会夹杂有部分CH.1.1.1，BQ.1.1.*的概率较大，当然，仍然有相当的人数会出现再感染XBB.1.5，即会形成第二波小高峰，较第一波会减轻很多。主要原因：
（1）本轮有部分人感染XBB，这部分人在短期第二波不会感染;
（2）感染本轮BF.7等亚变体中，也有约1/4的人形成较强的保护作用，第二波也不会感染。
同时，考虑到XBB.1.5感染速度如此之快，第二波流行应该是紧接第一波，预计在1月底到2月初达到高峰，2月底至3月初可能就大部分消退。
经历第二波感染，就与国际整个流行的亚变体保持一致。预计到3月份，或3月底，国内整体疫情但完全趋于平稳，不会出现大规模同时感染状况，医疗 秩序将基本恢复至平稳有序。
疫苗的保护作用有几何？
当然，williamhill asia 还要看到疫苗的作用。
虽然这些新的亚变体免疫逃逸能力超强，但是最新的二价mRNA疫苗的保护作用来看，即使对XBB，其保护作用相对原始株下降了25.8倍，但是仍然有较强的保护作用。预计对XBB.1.5仍然有较好的保护作用。
但是即使接种1针一价mRNA疫苗，对BQ.1.1和XBB作用十分微弱，尤其是对XBB作用几乎测不出。即使接种2针1价的mRNA疫苗，对BQ.1.1有中度作用，但是对XBB作用仍然较弱，中和抗体滴度仅37左右。意味着，一针二价mRNA疫苗加强针，优于两针1价mRNA疫苗加强针。
因此，接种高效的疫苗，仍然是重要的。
当然，不同的疫苗的保护作用不一样，近期中国也快速审批一些新的疫苗上市，但是都缺乏对XBB，BQ.1.1等新的亚变体的保护作用的相关数据。但是，部分疫苗有对BA.5的保护作用的数据。从mRNA疫苗的数据来看，疫苗对XBB产生的中和抗体的效应约为对BA.5的保护作用的1/5（相当于德尔塔要下降1/20），可以用这个数据间接衡量不同的疫苗的保护效应（当然，实际数据与间接衡量数据肯定会存在一定的偏差）。如果通过计算，中和抗体的有效滴度能达到30以上，就说明有弱保护作用，如果超过100就有强的保护作用。有兴趣的朋友，可以试着计算一下。下面是目前作为异源加强针为主的两种疫苗数据如下：
康希诺研发的雾化吸入Ad5-nCoV疫苗2期临床数据：加强接种14天时，低剂量Ad5-nCoV吸入组诱导的血清抗野生毒株中和抗体GMTs为744.4，高剂量组为714.1，而CoronaVac组仅为78.5。 作为加强疫苗，Ad5-nCoV吸入后诱导的中和抗体水平是CoronaVac组的6.7-10.7倍。接种第28天时，中和抗体水平最高，此时对德尔塔的低剂量 (278·2 [95% CI 200·1–386·9]) 和高剂量 (216·8 [153 ·7–305·7]) 。
丽珠生物的重组融合蛋白疫苗（丽康V-01）3期临床数据：受试者在三针灭活新冠疫苗基础上，第四针序贯加免丽珠生物的重组融合蛋白疫苗后14天，对BA.5的中和抗体滴度比值(与灭活苗自身加免相比)为8.5倍(136 vs. 16)，是加免前的17.1 倍。详细见：Emerg Microbes Infect：丽珠生物的重组融合蛋白疫苗作为加强针明显优于灭活疫苗
从国产的mRNA相关疫苗公布的数据来看，确实优于目前的灭活疫苗，腺病毒载体疫苗，重组蛋白疫苗。期待国产的mRNA疫苗能尽早上市，以及二价mRNA疫苗能尽快审批。
参考资料：
https://covid.cdc.gov/covid-data-tracker/#variant-proportions
https://cov-spectrum.org/collections/24?highlightedOnly=true
https://github.com/cov-lineages/pango-designation/blob/master/lineage_notes.txt
https://nextstrain.org/ncov/gisaid/global/6m
https://erictopol.substack.com/p/a-new-variant-alert
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转发了！#XBB.1.5##疫情##病毒##新冠疫苗#
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信息全面完整#奥密克戎##新冠病毒#
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不错，学习了。
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