HLA:第1外显子的错义替换产生了第一个HLA-DRB1等位基因,其残基为缬氨酸,DRB1*04:354
2023-04-29 Jenny Ou MedSci原创 发表于广东省
文章描述了新的DRB1*04:354,这是第一个在密码子-17处具有GTA的DRB1等位基因,它编码缬氨酸而不是更常见的丙氨酸或索氨酸,这种变化似乎是一种保守的取代,它将维持信号肽中心疏水部分的结构。
在同种异体造血干细胞移植(aHSCT)的背景下,供体和患者之间的HLA不匹配与移植物抗宿主病(GVHD)和死亡率的高风险相关。
人类白细胞抗原(Human Leukocyte Antigen, HLA)是人类的主要组织相容性复合体(MHC),位于6号染色体上(6p21.31),包括一系列紧密连锁的基因座,与人类的免疫系统功能密切相关。目前,HLA与aHSCT的相容性是根据肽结合槽内的多态性来评估的。然而,在外显子1中还有其他与临床相关的区域作为先导肽编码。
2023年4月19日发表在HLA的文章描述了一个新的HLA-DRB1等位基因,一个HLA-DRB104的变体,分组在DRB104:06P中,在外显子1上有一个非同义替换。这种新的等位基因是通过下一代测序(NGS)在一名女性骨髓志愿者的常规HLA分型中发现的。研究者们使用NGSgo®-MX11-3和MiniSeq平台对NGS过程进行两次评估。
(A)新型DRB1*04:354的外显子1核苷酸序列与最密切相关的DRB1*04:06:02等位基因对齐;(B)新型DRB1*04:354与DRB1*04:06:02等位基因的信号肽氨基酸组成
aHSCT的HLA相容性通常考虑肽结合槽内的多态性,而忽略了其他临床重要区域作为先导肽。即使在单倍体移植的情况下,-21位的HLA-B先导肽二态性也会影响HLA-E的表达、NKG2A对自然杀伤细胞的识别和aHSCT的结果然而,HLA II类先导肽多态性及其调节免疫反应的潜在作用尚不清楚。新的分型技术提高了HLA基因的覆盖范围,可以很容易地识别肽结合区外的HLA II类多态性,并表征外显子1.5变化的新等位基因。已经确定DRB1外显子2比DRB1中的其他外显子具有更高的序列多样性程度,并且也描述了HLA-DQB1密码子-10是DQB1外显子1.6内的多态性位置。
新等位基因的核苷酸序列已提交给GenBank数据库(登录号:OP414079),并可在IPD-IMGT/HLA数据库(提交号:HWS10062918)中获得。世界卫生组织(WHO) HLA系统因子命名委员会于2022年10月正式命名DRB1*04:354。
并且研究者认为新的HLA-DRB104:354包含在单倍型A02:01:01 ~ C06:02:01:02 ~ B50:02:01:01 ~ DRB401:01P ~ DRB104:354 ~ DQA103:03:01 ~ DQB104:02:01:13中,因为女性供体中的HLA单倍型之一是常见的祖先HLA单倍型8.1。此外,这一新的等位基因也在具有该单倍型的高加索女性的其他群体中被检测到。
原始出处
A missense substitution in exon 1 generates the first HLA-DRB1 allele with Valine at residue -17, DRB1*04:354. HLA. 2023; 1- 3. doi:10.1111/tan.15058 , , , , .
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